中国矿业大学生物工程专业拥有生物化工博士点，生物化工学术型硕士点和生物与医药工程类（生物技术工程）硕士点。本专业依托中国矿业大学“煤炭洁净加工与高效利用教育部重点实验室”、“国家级实验教学示范中心”，“江苏省基础教学实验示范中心”，附属医院“国家级临床药物实验基地”和“国家级肿瘤康复实践基地”等学科平台，在煤炭清洁利用和安全开采、农产品的深加工、环境生物工程和生物药物与医药材料等研究领域开展研究。本学科研究生教师队伍共有教授4人，副教授（含副主任医师）14人，讲师6人，其中博士生导师4人，硕士生导师20人，拥有博士学位者占88%，有海外经历者占42%，全国五一劳动奖章获得者1人，江苏省五一劳动奖章获得者2人，江苏省特聘教授1人，江苏省333人才工程2人，江苏省六大人才高峰1人，江苏省突出贡献中青年专家1人。本专业教师近几年先后参与承担了国家级、省部级等各级科研项目40 余项，此外，还承担了企业委托的技术开发项目30多项，获得省部级以上奖励多项，发表学术论文150 多篇，其中60余篇次被SCI、EI收录，授权发明专利20余项。

本专业领域是生物、化工、医药和工程学相结合的交叉学科，该学科应用生物工程技术的理论和方法，利用生物体制造人类所需产品，进行生物药物研发，开展医学防病治病，开发清洁能源，改善生态环境。该领域培养适应市场经济体制和改革开放需要，掌握现代生物工程技术及其产业化科学原理、工艺过程和工程设计等基本理论、基本技能，能在轻工、医药等领域从事生产、产品技术研究开发、质量检测和企业管理的复合型高级技术人才。近五年，毕业生就业升学率为100%，主要被双一流高校和科研院所录取，就业主要面向长三角、珠三角和环渤海经济区的生物医药、生物诊断试剂，轻工食品等领域。